La Confédération paysanne ainsi que plusieurs associations environnementales dénoncent le manque de transparence et crient aux « OGM [organismes génétiquement modifiés] cachés » concernant les endives. Le responsable de la commission semences du syndicat agricole, Guy Kastler, s’insurge : « Le lieu de production, le nom de la variété, le caractère bio ou pas, on trouve beaucoup d’information sur les étiquettes mais jamais la mention manipulée génétiquement ». Or, selon lui, « 85 % des endives sont concernées [par la mutagenèse], on en trouve même dans les magasins bio ». En effet, la plupart des endives sont génétiquement modifiées depuis les années 1980 pour rendre les semences ultra-féminines, dites « cytoplasme mâle stérile » ou « CMS », afin de mieux contrôler le processus d’hybridation. Les endives sont naturellement mâles (pollen) et femelles (graine), comme le rappelle Aujourd’hui en France, mais elles ont été « castrées » pour « éviter qu’elles ne s’autofécondent ». Le directeur du pôle amélioration des plantes de l’Union française des semenciers, Emmanuel Lesprit, confirme : « OGM, oui, mais cachés, certainement pas. Il n’y a pas de grand complot ». Il ajoute : « Sur 58 variétés d’endives, 47 sont des hybrides et sont presque toutes issues de cette fusion cellulaire. ». Si ces légumes sont bien des OGM selon la règlementation européenne, « ils sont exemptés de contrôles stricts, étiquetage et surveillance » rappelle le journal Aujourd’hui en France. Si les endives génétiquement modifiées, largement commercialisées depuis 40 ans, ne semblent pas présenter de risques pour la santé, l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) souligne la dangerosité des « variétés rendues tolérantes aux herbicides » dans un avis de novembre 2019. Ces dernières risquent de développer la résistance des mauvaises herbes et donc, le recours aux produits phytosanitaires.
Par ailleurs, le Conseil d’État, dans une décision du 7 février 2020, juge que plusieurs organismes obtenus par mutagenèse, comme le tournesol et le colza rendus résistants aux herbicides, doivent respecter la règlementation relative aux OGM. Le gouvernement est ainsi enjoint d’identifier, au sein du Catalogue des variétés de plantes agricoles, celles qui ont été modifiées « au moyen des techniques de mutagenèse qui sont apparues ou se sont principalement développées depuis l’adoption de la directive du 12 mars 2001 » pour les soumettre « aux obligations imposées aux OGM par cette directive ». Le Conseil d’État précise : « En revanche, les variétés obtenues au moyen de techniques plus anciennes, dont la sécurité est avérée depuis longtemps, ne sont pas soumises à ces obligations ». Les endives génétiquement modifiées ne sont donc pas prêtes d’être retirées des rayons. Certains organismes de certifications, comme Demeter, ont toutefois exclu de leur cahier des charges les légumes issus de semences CMS. En matière d’endives, les variétés « first lady », « bingo », « baccara » et « vintor » sont garanties sans fusion cellulaire.
